三千院は延歴年間(782-806)に伝教大師最澄が、比叡山東堂に一院を開いたのが始まりです。 その後、慈覚大師円仁に引き継がれ、平安後期以来、皇子皇族が住職となる宮門跡となり、寺地は比叡山山内から近江坂本・京都市中と移動しました。その都度、寺名も変わりました。 明治維新後この地に移り、｢三千院｣と現在の名前になっています。